Democracia (1974-)
António Ramalho Eanes, o primeiro Presidente eleito por sufrágio direto e universal, em 1976, ponderou usar a Cidadela como residência de verão, ideia imediatamente abandonada depois de verificado o mau estado do edifício e o previsível custo das obras. Ainda assim, foi alvo de melhoramentos pontuais, que permitiram acolher várias iniciativas durante os seus dois mandatos. Em 1983, por exemplo, realizaram-se espetáculos de teatro e música, no pátio do Palácio, no âmbito da XVII Exposição Europeia de Arte, Ciência e Cultura, numa iniciativa da Câmara Municipal de Cascais.
Nos anos que se seguiram, várias instituições sedearam-se no Palácio da Cidadela, como o Serviço de Informação da República, o Instituto de Pesquisa Social Damião de Góis, o Centro de Estudos e Formação do Instituto Português do Património Cultural. Também foi palco do Festival de Música da Costa do Estoril. Em 1988, na sequência do incêndio ocorrido na Baixa de Lisboa, a Cidadela guardou os quadros do Museu do Chiado. Estes usos evitaram o abandono do edifício, mas não deixaram de acentuar a deterioração do seu interior.
Mário Soares, eleito em março de 1986, escolheu residir na sua casa particular. Durante o primeiro mandato, parte do Palácio da Cidadela tornou-se a residência do chefe da Casa Militar, general Carlos de Azeredo, oriundo do Porto, que aqui habitou durante cinco anos. Seguiu-se um longo período de incerteza quanto ao futuro da casa.
Durante o segundo mandato de Jorge Sampaio (2001-2006), a reabilitação do Palácio da Cidadela foi assumida como necessidade. O Museu da Presidência da República, desde 2004, iniciou um estudo aprofundado com vista à reconstituição da sua memória histórica, nas dimensões construtiva, artística, iconográfica e vivencial.
Em 2007, por iniciativa do Presidente Aníbal Cavaco Silva, iniciou-se, num processo faseado, a reabilitação do edifício, conduzido pela Presidência da República, sob a responsabilidade do arquiteto Pedro Vaz. Concluída a minuciosa intervenção, a Presidência da República decidiu abrir ao público o Palácio da Cidadela de Cascais, familiarizando os cidadãos com um património intrinsecamente associado à chefia do Estado.